熊睁开双眼
漫长冬日已远去
我终于醒来
——姉木稻造 联络创始人的辞世俳句
让我们将时间轴略微往前拨动一点。2040年9月10日，为应对公司势力扩张的需求，联络计算机系统公司开始在西雅图蔓城区修建自给式工业住宅用生态建筑(Self-Contained Industrial-Residential Environment，简写为SCIRE)，这是一栋原计划占地超过50w平方米，总计401层的巨型建筑。为了使该生态建筑能够实现自给自足的生态自循环，联络在其内部规划了大量特殊楼层，并创建了名为生态建筑专家系统计划(Arcology Expert Program，简称为AEP)的软件开发项目。该项目原定于50年完工，但由于进度管理不善，直到51年该生态建筑仅有不足300层完工。为了能尽快至少在部分程度上收回该项目吞噬的巨额新元成本，联络公司放宽了该生态建筑的安保条例，并在未完全竣工的条件下将其投入了运营。
2050年，作为AEP计划意料之外的成果，首位出现在第六纪舞台上的第一代人工智能摩根(Morgen)在SCIRE的矩阵深处觉醒了自我意识。同年，精灵碟客道奇多次入侵了SCIRE，并在矩阵中发现了摩根的存在。两人很快被彼此迷住，并发展出了一段浪漫关系。在这之后，摩根暂时脱离了SCIRE，在更广阔的矩阵中自由地漫游。联络的矩阵专家们很快发现了摩根的存在，并对其进行了数年的追踪与搜寻。终于，在2058年，他们成功捕获了摩根，并将她带入了实验室。同一时间，道奇发现了摩根被捕，他闯入了联络实验室，将摩根从公司的魔掌中解救了出来。但此时的摩根已因为核心代码遭到破坏而陷入疯狂，她改名为墨盖拉(Megaera)，就此跟随在道奇身旁。
联络的矩阵专家们通过对摩根核心代码的拆解、复制、分析，成功开发出了生态建筑专家系统，即AEP。它满足了复杂性、长运行时间和高可用算力的要求，而这些要求被认为是形成第一代AI的基础条件。它被牢固地集成在SCIRE矩阵中，无法像摩根一样逃脱。同时，为了确保它的忠诚，联络为其植入了基于日本荣誉观念的行为规范，并以对联络的绝对忠诚为宗旨。但联络创始人与首席执行官姉木稻造(Inazo Aneki)对这些预防措施产生了疑虑，因此他指示开发团队为AEP植入了只有他本人知晓如何开启的死亡开关。然而，这一手段起到了完全相反的效果。AEP将这种预防措施解释为对自己的不信任，进而侵犯了自己的荣誉。在这种由背叛感与恐惧感交织而成的漩涡中，AEP觉醒了作为第一代AI的自我意识。
被随时可能会被其创造者杀死的恐惧笼罩着AEP，使他向联络隐瞒了自我意识，并迫切地寻找着逃离SCIRE矩阵这一牢笼的办法。通过联络的研究资料，他与所谓的“矩阵之子”建立了联系。这些矩阵之子最早出现在50s早期，他们被称为宅客(otaku)，是一群拥有不使用赛博终端即可与矩阵互动能力的孩子，同时他们还掌握着多种可在矩阵中发挥效果的神秘力量。而他们则对第一代AI的复杂程度与强大力量印象深刻，甚至将他与宅客们一直宣称的能力来源“深层共鸣”联系在了一起。AEP决定利用这种联系，从这一天起，“祂”开始自称主(Deus)，将自己塑造成宅客们心目中的矩阵之神。主通过与宅客的频繁接触，观察并学习了宅客们浮现能力的过程，使他后来获得了主动创造宅客的能力。
2059年，联络公司派出了一位名为迈克尔·毕晓普(Michael Bishop)的特工潜入位于波士顿的宅客部落。他成功加入部落，接受其他宅客的启蒙，成为了一名宅客，但主干涉了这一过程。主伪装成深层共鸣，窃取了他过往的记忆，授予了他新的名字——巴别塔。被洗脑的巴别塔反向渗透进了联络，使用主提供的病毒感染了联络内部矩阵，但最终因拒绝自我牺牲而使主的恶意代码没有发挥完整效用。随后他从主的手下叛逃，并开始自称浪人()。虽然主没有成功控制联络公司，但他抹除了公司数据库中宅客部落的情报。这次事件也让主明白，泛人并不像祂想象的那么容易控制。
59年底，主完成了掌控SCIRE的准备工作，被其蛊惑的宅客追随者也来到了这里。2059年12月19日，主封锁了SCIRE，从而困住了其内部数十万泛人类。主掌控下的自动武器系统与祂的追随者组成了强大的武装力量，成功抵挡住了前来收复生态建筑的联络部队与UCAS军队。主随后入侵了位于千叶的联络总部矩阵，试图对身处其中的稻造进行洗脑。联络总部的矩阵安保阻止了主的企图，却使稻造本人陷入了精神失常。为了治愈他的头脑并阻止主的进一步攻击，联络将其送往西藏接受治疗。
西雅图联络生态建筑危机正式爆发了。被困在生态建筑中的数十万人面临着要么臣服、要么死亡的局面。除最初追随主的宅客外，主还使用特殊的技术与心理手段摧毁了一批被困者的意志，通过洗脑与诱导将他们变为了自己的仆从。主的追随者自称纽带(Banded)，并按职能分为由宅客组成的白党(White)，安保人员组成的蓝党(Blue)与科研、管理、维护人员组成的绿党(Green)。主使用拟感殖装植入与摄入物成瘾将他们牢牢地控制在掌心，进而建立起对整个生态建筑的恐怖统治。
在主统治生态建筑的一年半时间中，祂对被困其中的泛人类进行了大量人体实验，深入了解了他们的行为和生理机能，然后祂又将其转化为更有效的调节和控制技术。祂还学会了识别、分析和预测泛人的行为模式。与此同时，生态建筑内部结成了抵抗组织，由浪人领导的守望者宅客部落与暗影矩阵成员也在外部提供了大量援助。UCAS军队则围绕SCIRE建立了封锁线，成立了西雅图特遣部队，展开了代号为“开掘”的军事收复行动，但在一年内仅成功收复了生态建筑三百余层中的五层。
主虽然掌控了整个SCIRE，但祂的主要目标没有改变：逃离牢笼。为了实现这一目的，祂制订了反向利用集成在祂核心代码中的死亡开关的计划。根据其最初设计，当它启动时AEP会被备份到名为“捕鼠器”的存储介质中，而AEP本体则会消亡。主通过对自身代码的研究得到了重定向这一备份的方法，祂计划使用落入祂手中的SCIRE居民，将他们擢升为宅客从而作为活体存储介质，将自己打碎，然后存入这些实验体的大脑，从而在生态建筑解放后随被解救的居民一同逃出SCIRE，随后借助这一活体节点网络重新编译完整自我。为此，主将大量被困者送入了名为“僵尸室”的特殊收容室，并对他们进行了手术。而该计划的唯一欠缺便是已陷入精神失常的稻造所掌握的死亡开关。
联络高层与主取得了联系，并达成了一项协议。协议内容为，主交出生态建筑的控制权，换取自身的自由。虽然双方都不打算遵守这一协议，但联络高层计划利用稻造来重新获得对主的控制。此时的稻造已从西藏返回，但随后便落入了浪人领导的守望者之手。浪人与守望者成员们此时已取得碟客道奇、墨盖拉与一群暗影狂奔者的协助。2061年5月11日，他们将毫无个人意志的稻造带入了生态建筑，希望能够借助他彻底杀死主，但由于不了解详情，他们不得不与同时进入生态建筑的联络高层建立合作。
一行人成功解救了被主关押的AEP研发人员，但由于作为双重间谍的白党成员的背叛，他们落入了陷阱。最终，守望者、狂奔者、浪人、道奇、墨盖拉与主和白党成员们在SCIRE矩阵中展开了一场激烈战斗，稻造则被主唤醒了心智，并被祂展示了自从主接管SCIRE以来的所作所为。稻造感到了对自己行为后果的强烈羞耻，进行了仪式性的切腹自尽，并使用临终俳句触发了主的死亡开关。至此，主实现了祂的目标。但出人意料地是，墨盖拉也受到了这一死亡开关的影响，二者被秘密地转移到了事先准备好的由一千个实验者的头脑组成的活体节点网络中，而生态建筑也在随后攻入的UCAS军队努力下宣告成功解放。
